Het CBF bestaat uit vier afdelingen die onder leiding staan van een directeur-bestuurder: Toezicht, Financiën en Bedrijfsvoering, Communicatie en Marketing en Informatie en Kennis.
Er is een bezwaaradviescommissie die het CBF adviseert inzake de te nemen beslissing op een bezwaarschrift.
Wanneer een klacht wordt ingediend over het CBF kan de directeur-bestuurder de behandeling van de klacht opdragen aan een medewerker of een commissie.
Tevens is er door de directeur-bestuurder een functionaris aangesteld om de informatie te behandelen die door de informatieverstrekker is aangeleverd.
Het CBF laat zich controleren en adviseren door de raad van toezicht, die uit minimaal vijf leden bestaat. Zij hebben allen een verschillende expertise die past bij de ontwikkeling die het CBF doormaakt. De raad van toezicht is niet alleen toezichthouder, maar vervult ook de rol van werkgever, adviseur en sparringpartner van de directeur-bestuurder.
De raad van toezicht kent drie commissies:
De auditcommissie houdt toezicht op de werking van de interne risicobeheersings- en controlesystemen, waaronder het toezicht op de naleving van de relevante wet- en regelgeving, toezicht op naleving van gedragscodes en toezicht op de financiële informatieverstrekking door de instelling.
De HR-commissie houdt zich bezig met de arbeidsvoorwaarden van de directeur-bestuurder en het benoemingsbeleid van zowel de raad van toezicht als de directeur-bestuurder.
De Commissie Complexe Dossiers die de directeur-bestuurder (op verzoek) adviseert inzake ingewikkelde toetsingsbesluiten.
Tevens benoemt de raad van toezicht het College van Beroep.
Er zijn drie externe organen. Het college van beroep oordeelt over geschillen waar het CBF bij betrokken is. De stuurgroep Erkenningsstelsel bestaat uit het CBF, de brancheorganisatie Goede Doelen Nederland en de Commissie Normstelling. In deze stuurgroep werken de partijen samen en maken ze afspraken over ieders rol en verantwoordelijkheid. De Commissie Normstelling stelt sinds 2017 de criteria vast waar Erkende Goede Doelen aan moeten voldoen.
In het organogram hieronder staan de organisatiestructuur en externe organen weergegeven:
college van beroep
De heer prof. dr. M.N. Hoogendoorn, RA, hoogleraar Externe Verslaggeving aan de Erasmus Universiteit Rotterdam en Partner van Ernst & Young Accountants
Mevrouw mr. C.C. Meijer, raadsheer Ondernemingskamer bij het Hof Amsterdam
De heer drs. G.E.W. Prick, oud-burgemeester gemeenten Groesbeek, Maasdriel
raad van toezicht
De heer A.P.R. (Noud) van Rooij (voorzitter), voormalig directeur Nationale Vereniging De Zonnebloem (voorzitter Commissie Complexe Dossiers, lid HR-commissie)
De heer R. (Roland) van Benthem RA; burgemeester gemeente Eemnes (lid auditcommissie)
De heer M.H. (Maurits) Blok, directeur Data Center Public Affairs Google Europe (lid Commissie Complexe Dossiers)
Mevrouw mr. M.T.P.J. (Monique) van Oers, Directeur Juridische Zaken Autoriteit Consument en Markt (lid HR-commissie, lid Commissie Complexe Dossiers)
De heer drs. A.A. (Louis) van Vliet RA RO, eigenaar Proviad Consultancy (lid auditcommissie)
Beloningsbeleid
Leden van de raad van toezicht ontvangen geen bezoldiging van het CBF, middellijk noch onmiddellijk. Ook worden aan hen geen leningen, voorschotten en garanties verstrekt.
Voor de hoogte van het salaris van de directeur-bestuurder volgt het CBF de Regeling Beloning Directeuren van goededoelenorganisaties.
Voor de medewerkers van het CBF geldt het CBF-personeelshandboek, waarin de arbeidsvoorwaarden zijn beschreven.